1、前期工程投资增加，时有超出概算
由于城市轨道交通项目线路的分布和走向、地下线和高架线以及穿越城市繁华区域的不同，前期工程投资比例和额度不尽相同，但是，通常一条城市轨道交通线路前期工程的投资约占到总投资的10%以上，并且投资额和投资比重呈逐渐上升的趋势。2、管线勘察精度不足、设计不够严谨
近些年，市政工程及电力、通讯、邮政设施工程的建设和更新改造较为频繁，热力、天然气、路灯、电力、电信等各种地下管线数量大、线位交错复杂，而这相关的线位图基本是由各产权单位独自保存。
虽然建设主管部门出台了城市建设工程档案管理条例，但在实际执行过程中，产权单位的归档移交工作并不及时、积极。因此，收集地铁沿线各类管线的线位图纸异常困难。
从当前市场的实际情况来看，城市轨道交通前期工程的设计和施工单位往往是由一家单位或者是业内相关单位实施，图纸没有相关机构来审查，建设单位为了确保工程进度通常会同意产权单位的设计方案，在监督机制缺失的情况下容易发生设计单位通过提胃设计标准、修改设计图纸等方式增加工程量的问题，从而提高建设成本，增加投资控制难度。
3、行业垄断部门较强势，计价依据不统一
城市轨道交通项目产权管理部门大多是垄断性行业部门，由下属单位或相关单位来负责项目的设计、采购、施工等环节，通过设立行业许可、验收壁垒等方式来限制外部竞争。
因此，建设方只能和产权方进行谈判，在合同谈判的过程中，考虑到工期压力，加之建设方处于被动地位，往往是施工方案经过各方商讨、协调能够确定，价格谈判却经常是由产权方指定的施工单位自主报价，报价缺乏依据，合同以暂定价形式签订，待竣工后按实际结算。然而，在实际执行过程，由于施工单位报价虚高，暂定价首付款较大，有可能发生最后结算金额小于首付款的超付情况，无法有效控制建设成本，增加了投资控制难度。
另外，城市轨道交通项目前期工程计价依据不统一，难以做到标准化管理。由于城市轨道交通工程专业多，施工工艺复杂，各城市的地铁建设方会组织编制相应的定额。
因为行业垄断，各产权部门采用行业内部的管理办法，行业内的定额依据和取费标准偏高，费用计算时各种难度系数、专业系数等偏大，费用较高；其次，前期工程中需要采购的材料量大、规格多，产权方并不愿完全参照地铁信息价，最后，对于没有信息价的材料，双方询价的结果往往是产权方的询价高于建设方的，因此编制出的预算也偏高。
4、拆迁难度大、补偿标准不统一
当前，在西安地铁建设过程中涉及到的征地、拆迁工作是由市地铁公司委托各区的建设局实施，按工作量支付给各区建设局一定管理费用。这种模式的优势是便于地铁公司统一实施、管理，能够保证工程进度；不足之处是各区往往会考虑到自身区域建设的发展或者工作方便，搭建拆除区规划路或其他建筑物，从而增加地铁拆迁费用。
另外，各区拆迁补偿标准不同，不便于管理。譬如，一些新的开发区本身有大量的拆迁工作，因此有完整统一的拆迁补偿标准，而一些老的行政区的辖区内城建改造已基本完成，拆迁工作量较小，拆迁补偿成本往往较高。